El iPhone 6s está equipado con una batería de litio-ion recargable no extraíble de 1715 mAh incorporada. Según Apple, ofrece hasta 14 horas de tiempo de conversación en 3G y hasta 10 días de tiempo de espera desde una única carga. El uso de Internet aparece como 10 horas en 3G y LTE y hasta 11 horas en Wi-Fi. El iPhone 6s también ofrece hasta 11 horas de reproducción de vídeo HD y hasta 50 horas de reproducción de audio.