Sí, el iPhone SE admite Apple Pay. El iPhone SE está equipado con el sensor de huella digital Touch ID de Apple para utilizar Apple Pay en las tiendas y en las aplicaciones. También es capaz de recibir y canjear recompensas mediante tarjetas de recompensa. Todos los modelos de iPhone disponibles admiten Apple Pay.
El iPhone SE también tiene NFC con modo lector y admite tarjetas Express. Incluso cuando la batería se ha agotado, el iPhone SE tiene una función de reserva de alimentación que permite acceder a las tarjetas de tráfico.