Al instalar iOS 10, es posible observar que los correos electrónicos nuevos dentro de un hilo aparecen por defecto en la parte inferior del hilo (el hilo se invierte, el más antiguo en la parte superior, el más reciente en la parte inferior), mientras que solían aparecer en la parte superior.
Si no le gusta, puede cambiarlo hacia Configuración -> Correo y desplazarse hacia abajo hasta la sección «Envío», donde verá un conmutador para «Entradas más recientes en la parte superior». Actívelo y volverá a la normalidad.