El iPhone 6s y el 6s Plus son los primeros dispositivos Apple equipados con una cámara iSight de 12 megapíxeles con 1,22μ píxeles. La cámara frontal está equipada con una apertura ƒ / 2,2, lente de cinco elementos, filtro IR híbrido, sensor de iluminación posterior y tapa de cristal de zafiro. Los modelos 6s y 6s Plus también incluyen la nueva función de Live Photos de Apple, enfoque automático con Focus Pixels, modo ráfaga, panorama, flash True Tone, modo temporizador, estabilización automática de imagen, detección de caras y mucho más.
Los iPhone 6s y 6s Plus son capaces de grabar vídeo 4K (3840 por 2160) a 30 fps, vídeo HD 1080p a 30 fps o 60 fps y grabación de vídeo HD 720p a 30 fps.
La cámara frontal FaceTime HD capaz de hacer fotos de 5 megapíxeles y grabar vídeo HD de 720p.